Что если не ставить медные кольца под гильзу. Медное кольцо как прокладка заместо него нанести герметик гильза будет стоять наровне с блоком.

Нет, так не делается!
Можно, конечно, использовать и обычный пластилин, подогнать все гильзы на один уровень - будет красиво. Сальники клапанов, тоже, можно из пластилина вылепить, из цветного - будет ещё красивее! Но вы же будете потом этот двигатель заводить!!!
Существует определённая технология, которая выработана годами! Всё в ней продумано до мелочей! И давным-давно испробованы все альтернативные варианты, из которых остались стоящие!

Ни какого герметика только медные кольца иначе будете ещё раз ДВС разбирать,тосол будет в поддоне.