Вопрос такой , когда я приезжаю с работы и ставлю машину на ночь с 2 делениями батареи ( это минимальное количество делений) , считается ли это

Если вы уверены, что машина не будет стоять пару месяцев, то никаких проблем не будет. ВВБ может полностью истощиться только если машина будет стоять без запуска весьма длительное время.
По своему опыту могу сказать, что 30-ый Приус, простояв без запуска 3 месяца, спокойно заводится, т. е. батарея не сдохла.
Даже если индикатор указывает на полное истощение ВВБ, в ней остаётся не менее 25% ёмкости, что достаточно для запуска мотора.