Поменял 4эс на 3эс какие могут быть проблемы при оформлении и надо ли делать регистрацию

Проблем может и не быть, но уточнить как зарегистрировать замену двигателя вам нужно в РЭО ГИБДД.
Если бы вы меняли двигатель на точно такой же, как стоял, то этого можно было не делать. А номер двигателя изменили бы уже не вы, а после продажи, новый владелец.

Геморой сделал .Теперь при продаже новый хозяин не зарегистрирует на себя .

По новому закону, авто с незарегистрированным двигателем, новый владелец может вернуть в течении года, если по Суду, то срок на много больше. Регистрируй сам, что бы не было проблем при постановке на учет, а то машину вернут назад . У меня знакомая 3 года назад купила авто с другим двигателем, год ушел, что бы все узаконить, машиной пользовалась без проблем, Но законы поменялись в пользу покупателя. Если при продаже авто, не назвали Все проблемы машины, ДКП, Расторгается в одностороннем порядке, деньги возвращаются