Проехав около 45000км коробка начинает работать мягче и понятнее. Не знаю с чем это связано, но итог - тупить она перестала практически совсем. Как предположение - прошивка + сам автомат притерся со временем.
Изначально были ватные тормоза и ступенчатое срабатывание. После не сложных манипуляций с прокачкой тормозов (вышло очень много воздуха) симптом ватной падали исчез, но ступенчатое срабатывание осталось. Как потом оказалось это был сброс передач при торможении. Раньше тяжело было понять это, т.к. педаль была не информативна из-за воздуха в системе.