Сначала стоит определить, не возникает ли этот необычный звук из-за трения стекла о направляющие. Если нанести немного смазки и шумы пропадут, то, скорее всего, причина именно в этом. Тогда можно будет попробовать заново отрегулировать положение направляющих, чтобы уменьшить площадь соприкосновения.
Скорее всего, дело в деформации кронштейна стеклоподъемника. У меня была точно такая же проблема: водительское стекло поднималось криво и шаталось. В итоге я поехал в дилерский центр, где мне его заменили. После диагностики выяснилось, что именно кронштейн был деформирован.