Почему появились пятна на капоте?

Перекрашивать. Посчитайте сколько лет вашей машине, и поймёте, что за это время могло появиться всё, что угодно.
Если же вопрос, прямо, принципиальный, вы можете проехать в Покрасочный Сервис, чтобы специалист посмотрел и сказал вам о причинах появления этих пятен. Он и рекомендации вам даст, как их сделать менее видимыми, чтобы не перекрашивать капот.