Различия между ЭБУ 33920-86G1 и 33920-86G4?

Это маркировка. Различия в самой последней цифре или букве не критичны, обычно это обновлённая модификация. Заменить можно, и если некоторые функции в машине будут работать не корректно или вообще работать не будут, это можно будет решить у специалистов, которые занимаются прошивкой, или у диагноста.