Как зарегистрировать авто с заменой двигателя?

Только за деньги или инспектор будет пьян и забудет посмотреть модель двс. =)))

Если доки есть на ДВС то можно..

Только если узаконите переоборудование. Просто наличие доков на двс, не поможет.

А нормальные ответы будут?)

Нормальный ответ вам дадут в РЭО ГИБДД по месту регистрации, если лень будет читать брошюры, размещённые на стендах отделения.
Посмотрите на дату этого вопроса - 15.05.2018, за 7 лет всё изменилось кардинально, и любую информацию можно узнать в РЭО без каких-либо проблем! Там вам, пошагово, объяснят как и что нужно сделать, чтобы при регистрации не возникло проблем!
Можно, даже, позвонить туда, и вам всё по телефону расскажут.