Что делать, если потерял чип из ключа?

Заказать его у Дилера по VIN-у.

смотря какой чип.
если тот,что в корпус впаяный- то можно попробовать болванку купить у изготовителей автоключей или сегнализаторщиков

Если на машине стоит сигналка, то второй транспондер уже лежит внутри машины.

Не обязательно. Возможно стоит электронный обходчик иммобилайзера.