Задний амортизатор стучит в верхней части кузова (где крепление), что можно сделать? Если сам амортизатор целый не бежит...

Проверьте опорный подшипник...

прикрутить нормально

Открутить гайку верхнего штока (то ещё приключение).
Открутить болт нижнего уха амортизатора.
Снять его.
Подобрать подходящие резиновые втулки верхнего штока.
Заменить ими старые.
Собрать всё обратно.

Добавлю. Чтобы открутить верхнюю гайку аморта, сверлишь в верхнем пыльнике дырку, примерно размером на 8 мм. Вставляешь туда отвёртку, заламывашь за шток и откручиваешь верхнюю гайку. Удерживая отвёртку ты не даёшь прокрутится штоку амортизатора.
Ну это естественно, если амортизатор оригинальный - на нем пыльник металлический.
И да - меняешь втулки. На крайняк до замены втулок подложи под гайку пару толстых шайб - они зажмут старые втулки и стук пропадет