Установил контрактный двигатель. Запускается нормально, после прогрева падают обороты до холостого хода и не работают 2 цилиндра.

как определили что два? )))
катушки,свечи ...хоть смотрели?

Если отключатся 2 цилиндра, авто заглохнет, при отключении одного цилиндра движок колбасит, что может сорваться с подушек.

Подключите сканер и посмотрите параметры от момента запуска до прогрева...

Сканера нет Какой сканер на РАВ4 2001 года посоветуете?

В Сервис советую обратиться. Что вам даст сканер? Коды ошибок, если они есть? Вы по ним что-нибудь сможете разобрать?
Специалист по параметрам работы датчиков и по их изменениям посмотрит и определит проблему...