Замена двигателя возможна. Лучше агрегатом в сборе с АКПП. Если вместе со жгутом двигателя, то повезло, работы по соединению проводки там на пару часов.
Никаких "насос-форсунрк на двигателе 3S-FSE нет. Обычный одноплунжерный ТНВД на распредвалу и форсунки с электрическим управлением.
делайте замену только если не ограничены в деньгах и времени, и будут делать мастера в мастерской))) а вообще для начала будет достаточно заменить или восстановить тнвд, промыть топливную систему и при необходимости заменить пару датчиков а дальше следить за уровнем масла. скорее всего все проблемы уйдут после этих процедур, и вам это выйдет гораздо дешевле)))