При скорости примерно 50 км/ч сильно фонит люк. Есть ли хороший способ это починить?

Возможно, зазор между стеклом и проемом слишком большой. Если это так, то, скорее всего, потребуется отрегулировать положение стекла люка, чтобы улучшить герметичность салона. Это должно помочь снизить или полностью устранить шум. Также не забудь убедиться, что источник шума точно люк, а не что-то другое. Как вариант — усадка уплотнителя люка. Со временем резиновые уплотнители теряют свои свойства, что может приводить к дребезжанию или поскрипыванию люка в процессе езды, ну или к посвистыванию. Тут только замена.

У меня такая же проблема была: наклеил по периметру люка специальную звукоизолирующую полоску.

А меня донимал скрип, причем это реально косяк сборки. Там есть такой пластиковый выступ на панорамной крыше, который при вибрации машины начинает тереться об обшивку потолка и издавать этот чёртов шум. Тоже пришлось мудрить изоляцию.