Глухие звуки (как при изношенных стойках стабилизатора) в передней подвеске когда едешь по мелким неровностям (по гравию), но когда на улице

Проверяйте амортизаторы, опоры и поворотные подшипники.

Как их проверить? когда менял пыльники на стойках ничего особенного не заметил?

Вот тут не подскажу. Просто если аморт газ или газ масло, то фиг как увидишь. Газ уйдёт, может стучать начать, но в целом не видно ничего, пока масло не потечёт.
Что касается поворотного подшипника, то на верхней чашке пружины он вложен, между нею и опорой стойки. Он пластиковый скольжения. Разбивается на ять. Ну и опора может устать.
Кстати. Многое может подсказать интенсивное раскачивание морды авто руками, при этом пальцами держаться за верхний хвост штока аммо, торчащий из гайки. Если тв руку стуки будут отдавать, то там и искать.

Ходовка проверяется на вибростенде, или на подъёмнике, с помощью монтажки.

А втулки стабилизатора менялись?

Был и на вибростенде и проверяли всё вручную- ничего не обнаружилось.

Втулки новые.

По схеме и описанию проблемы, остаются опоры и подшипники амортизаторов. "Сергей Самара" сразу правильно написал.

Если причина стука в опорах и подшипниках амортизаторов, то какая связь с температурой? Склоняюсь к замене амортизаторов, но, блин, стоимость эксперимента 13т за пару напрягает, да и теплеет на улице. Сегодня +15 за бортом и стука почти нет, пока поставлю новые, то при такой температуре и не поймёшь разницы. Ждать осени придётся.