Почему ломает болты крепление коробки передач

Потому что она у вас криво стоит по всей видимости. Либо проблемы с центровкой сцепления и корзины.
Вам надо убедиться, что есть направляющие втулки в стыке коробки и блока(минимум 2) и они чётко стыкуются, а также что коробка притянута по всем предусмотренным точкам нужным моментом.